Dès qu’un projet est déclaré d’utilité publique et que les financements nécessaires ont été réunis, le maître d’ouvrage peut engager les phases d’acquisitions foncières nécessaires aux travaux. Tous les propriétaires et exploitants concernés par l’emprise de la ligne ferroviaire nouvelle sont alors indemnisés selon « une juste et préalable indemnité ».

Les règles d’indemnisation peuvent varier selon qu’il s’agit de propriétés bâties ou non-bâties et selon la destination des bâtiments.

La réalisation d’infrastructures de transport peut avoir des impacts sur les activités agricoles. Les études portent une attention particulière à la préservation des surfaces agricoles, qui devient une préoccupation majeure, comme l’a récemment souligné le Grenelle de l’Environnement. Une discussion permanente est engagée avec les représentants de la profession agricole.